有一天，小学六年级的进藤光在爷爷家的仓库里，找到一个古老的棋盘。而隐藏在其中的血痕竟然只有他看得见。就在阿光碰到棋盘的瞬间，寄宿在棋盘上的平安时代的天才棋士——藤原佐为的灵魂潜入阿光的意识里。原来那个棋盘是平安时代的棋士．藤原佐为灵魂所暂居的地方，而佐为为了追求「神之一招」的围棋技艺，魂魄始终不肯离开棋盘，为的是寻找能与他共鸣的人。
　　他的愿望曾经一度在本因坊秀策身上达成，可惜秀策英年早逝，来不及达到佐为所追求的完美境界，直至遇到小光后，两人的因缘结合，开始了小光的围棋生涯。在偶然的情况下，小光遇到了他生命中的宿敌——塔矢亮。在佐为的指导与小亮的刺激之下，小光也渐渐的喜欢上围棋并且棋艺也日渐精进。
　　而小亮先是见识到小光（其实是佐为）的棋艺而头一次尝试到戒慎恐惧之感，后却在看过真正的小光的实力后，对小光失望至极。而后发誓不让进藤光追上！而《棋魂》，就是主角进藤光+藤原佐为与塔矢亮在互相的影响与激励下，一起成长！
　　而阿光在遇到衷心喜欢围棋的佐为，以及拥有著名人父亲的天才少年——塔矢亮后，便开始对围棋有了兴趣。

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